Juno Nemesis est un retour au noyau dur shoot em up action des années 80 classiques ensemble dans le cyberespace d'un énorme et puissant ordinateur appelé Juno, le joueur doit défendre la machine dans un programme de virus conçu pour détruire le système. Six niveaux ou constructions doivent être enregistrées en détruisant 30 vagues des bogues attaquantes. 14 power-ups, 3 types d'armes, objets bonus et armes supplémentaires bolt-on sont introduites sur les vagues de 30 jusqu'à la confrontation finale avec l'ennemi lui-même.