Juno Nemesis ist eine Rückkehr zu den harten Kern Shoot-Em-Aktion der 80er Jahre Klassiker Set in den Cyberspace eines großen und leistungsstarken Computers namens Juno, der Spieler muss verteidigen die Maschine aus einem Virusprogramm entwickelt, um das System zu zerstören. Sechs Ebenen oder Konstrukte müssen gespeichert werden, durch die Zerstörung von 30 Wellen der angreifenden Bugs. 14 Power-Ups, 3 Waffe Typen, Bonus-Elemente und zusätzliche aufgesetzte Waffen werden über 30 Wellen bis zum endgültigen Showdown mit dem Nemesis selbst eingeführt.